Säkularisation 1803

Mit der epochenprägenden Säkularisation im Jahr 1803 wird das Kloster aufgelöst und die Ordensgemeinschaft nach über 700 Jahren vertrieben. Zur damaligen Ordensgemeinschaft gehören 38 Konventualen, zwei Novizen, 55 Stiftsbeamte, Diener oder Dienstboten, 30 Rentenbezieher oder Spitalsinsassen. Die ehemals korporierten Pfarreien in Bayern und Österreich werden eigenständig und als Erbe jetzt von den ehemaligen Passauer Chorherren seelsorgerisch vor Ort betreut. Der letzte der ehemaligen Chorherren, Isidor Alois Reisinger, stirbt erst am 8. Mai 1851 in Kirchdorf bei Haag in Oberbayern.

Im Jahr 1804 wird die Kirche profaniert und die Einrichtung und Ausstattung größtenteils 1810 an die Pfarrkirche von Vilshofen verkauft. Die Stiftsbibliothek wird auf die Hofbibliothek in München, die Universitätsbibliothek in Landshut und die Gymnasialbiliotheken in Straubing und Passau aufgeteilt.

Unmittelbar nach der Säkularisierung 1803 gibt es Überlegungen, das ehemalige Kloster in eine Porzellanfabrik (Nymphenburg) zu verwandeln. Diese Pläne werden aber nicht realisiert.