Eine wechselvolle Geschichte prägt das Nikolakloster seit 950 Jahren. Gegründet als "Augustiner-Chorherrenstift St. Nikola" im 11./12. Jahrhundert ist das Stift über 700 Jahre hinweg sowohl ein geistliches Zentrum für Kirchenreform und Wissenschaft, als auch ein Wirtschaftszentrum und Ort der karitativen Hilfe sowie der Seelsorge. Nach der Säkularisation des Klosters 1803 sind die "Nicolai-Kaserne" und die "Schmerold’sche Brauerei" im verweltlichten Klosterbau angesiedelt. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs 1945 beheimatet das "Nikolakloster" ein großes Flüchtlingslager und zeitgleich auch wieder ein Kloster: Die Deutschordensschwestern haben hier eine neue Herberge gefunden. Neben der klösterlichen Tradition wird mit der Eröffnung der "Universität Passau" im Jahr 1978 die ursprünglich intendierte Pflege der Wissenschaft neu aufgegriffen.
Der Gesamtkomplex der Klosteranlage umfasst den Konventbau in der Nord- und Osthälfte mit der Klosterkirche als westlichen Abschluss. Im Westen schließt sich der Kanzleibau und Wirtschaftshof mit der Winterprälatur im Nordflügel und der Sommerprälatur im Südflügel sowie einem Brauhaus im Westflügel an. Westlich des Klosters ist weiterhin das St. Marien-Spital für Frauen angelegt. Die beiden nördlichen und südlichen Toreinfahrten erschließen den westlichen Wirtschaftshof. Vor der Klosterkirche erstreckt sich erhaben der Kirchenvorplatz. Der innere Westflügel beherbergt die Stallungen und den Stadel. An der Südostecke der Anlage befinden sind ein kleiner Garten, Pferdestallungen und die Wagenremise.
