Barocke Umgestaltung (1680 bis 1730)

Die gesamte Klosteranlage wird ab 1666 durch die beiden Brüder Carlo Antonio und Francesco Antonio Carlone im Barockstil überarbeitet. Um 1680 wird der Kirchturm bis zur Höhe der Glockenstube in den barocken Bau eingemauert und bis ca. 1730 die Kirchenfassade mit dem heutigen Aufbau neu gestaltet. In den Jahren 1688 bis 1690 entsteht die Sakristei an der Nordseite der Kirche.

Das Innere der Kirche wird ab 1716 durch den Passauer Dombaumeister Jakob Pawanger und den Linzer Baumeister Johann Michael Prunner umgestaltet: Eine Inschrift an der Decke der Kirche belegt "ex gothcia in novam formam redacta MDCCXVI", also "aus der Gotik in neue Form zurückgeführt 1716". Die Stuckaturen modelliert Giovanni Battista d'Allio. Die Fresken aus den Jahren 1717/1718 stammen aus der Hand des Welser Künstlers Wolfgang Andreas Heindl. Die großen Gewölbeflächen im Kirchenschiff sind dem Hauptpatron Hl. Nikolaus gewidmet und die Vierungskuppel zeigt "Mariae Himmelfahrt".