Die neue Rahmenvereinbarung zwischen der Hochschulrektorenkonferenz (HRK) und ihren japanischen Partnerorganisationen – die Japan Association of National Universities (JANU), die Japan Association of Public Universities (JAPU) und die Federation of Japanese Private Colleges and Universities Associations (FJPCUA) - enthält Empfehlungen zur Zusammenarbeit und akademischen Mobilität zwischen den Hochschulen beider Staaten in Lehre, Studium, Forschung und Entwicklung. Aktuell sind mehr als 600 Kooperationsvereinbarungen zwischen deutschen und japanischen Hochschulen im Hochschulkompass der HRK verzeichnet.
Auch die Universität Passau pflegt seit Jahren gute Kontakte zu japanischen Universitäten, derzeit bestehen drei Partnerschaften mit der Sangyo-Universität Kyoto, der Musashi Universität in Tokyo sowie der Meiji Universität ebenfalls in Tokyo. Alle vier Fakultäten der Universität Passau bieten Studienaustauschprogramme, zudem gibt es einen regen Austausch von Gastwissenschaftlerinnen und Gastwissenschaftlern. Darüber hinaus bestehen zahlreiche Forschungskooperationen. Generalkonsul Hideano Yanagi informierte sich über die bestehenden Kooperationen und regte eine weitere Vertiefung der Beziehungen zu seinem Land an, z. B. durch die Organisation von Vorträgen in Kooperation mit der deutsch-japanischen Gesellschaft. Zudem stellte er Unterstützung bei der Kontaktherstellung mit weiteren japanischen Universitäten in Aussicht. Beide Seiten bekräftigten die Absicht, die Forschungskooperationen weiter auszubauen.