Die Arbeits- und Forschungsschwerpunkte von Markus Würdinger liegen neben dem Bürgerlichen Recht und der Juristischen Methodenlehre vor allem im Deutschen, Europäischen und Internationalen Zivilprozess- und Insolvenzrecht. Markus Würdinger hat in diesem Bereich über 140 Aufsätze, Anmerkungen und Beiträge veröffentlicht. Er ist Mitherausgeber des juris-Praxiskommentars BGB und wirkt unter anderem im "Stein/Jonas" (einem renommierten Großkommentar zur Zivilprozessordnung) sowie im Münchener Kommentar BGB mit. Markus Würdinger engagiert sich zudem in der Anwaltsfortbildung als Dozent der Deutschen Anwalt Akademie, des Münchener und des Saarländischen Anwaltsvereins sowie des Instituts für Anwaltsrecht und Anwaltspraxis der Universität Erlangen-Nürnberg.
Nach dem Abitur und Militärdienst studierte Markus Würdinger als Stipendiat des Freistaates Bayern Rechtswissenschaft an der Universität Regensburg. Das Rechtsreferendariat absolvierte er im Oberlandesgerichtsbezirk München. Im Jahre 2004 promovierte er mit einer Arbeit im Immobilienmaklerrecht. 2010 erfolgte die Habilitation mit einer Schrift zur "Insolvenzanfechtung im bargeldlosen Zahlungsverkehr".
Von 2006 - 2010 war er als Akademischer Rat an der Universität Regensburg beschäftigt. Nach Lehrstuhlvertretungen bzw. Lehraufträgen an den Universitäten Regensburg, Konstanz und Augsburg war der gebürtige Oberbayer von 2012 - 2019 als Professor an der Universität des Saarlandes in Saarbrücken tätig.
Im juristischen Studium will er die Anleitung zum selbständigen juristischen Denken und Arbeiten fördern. "Studierende müssen juristische Transfer- und eigene Denkleistungen erbringen können. Grund- und Kontextwissen sowie Methoden- und Transferkompetenz sind entscheidend", betont er. Die Universität Passau sei für ihre exzellente Juristenausbildung bekannt. Wichtig sei es, die juristischen Kernfähigkeiten zu entwickeln. "Gute Juristinnen und Juristen können meisterhaft systematisieren, vortrefflich strukturieren und vor allem: Sie können Komplexität reduzieren und Wesentliches vom Unwesentlichen unterscheiden. Die Kunst der Juristen ist nämlich die Kunst der Unterscheidung. Darauf kommt es an - im Studium wie auch im späteren Berufsleben."