Das Handelsblatt Ökonomen Ranking ist ein viel beachtetes Ranking der Forschungsstärke aller aus Deutschland, Österreich und der Schweiz stammenden oder in diesen Ländern arbeitenden Ökonominnen und Ökonomen. Die Forschungsstärke wird dabei anhand der wissenschaftlichen Publikationen der Wissenschaftler ermittelt, wobei Publikationen in hochrangigen Journalen, deren Arbeiten viel zitiert werden, stärker gewichtet werden. „Ich freue mich sehr über dieses Ergebnis. Das ist eine schöne Anerkennung meiner Arbeit, die zeigt, dass man in Passau international konkurrenzfähig forschen kann“, konstatiert Bauernschuster.
In seiner Forschung beschäftigt sich Stefan Bauernschuster mit angewandten, politisch und gesellschaftlich relevanten Fragestellungen rund um die Themen Arbeit, Familie und Gesundheit. So hat er unter anderem die Effekte öffentlich geförderter Kinderbetreuung auf die Vereinbarkeit von Familie und Beruf und auf die Geburtenziffer untersucht, die Auswirkungen von Streiks im Öffentlichen Nahverkehr auf Verkehrsaufkommen, Umweltverschmutzung und Gesundheit in deutschen Großstädten analysiert, oder die Wirkungen der deutschen Trennung und Wiedervereinigung auf Einstellungen und Verhalten der Ost- und Westdeutschen betrachtet. Erst kürzlich wurde seine Studie zu den Effekten der Einführung von Bismarcks Krankenversicherung im Jahr 1884 auf die Sterblichkeit im Preußischen Königreich im Journal of the European Economic Association, einer der renommiertesten wissenschaftlichen Zeitschriften der Ökonomie, zur Publikation angenommen.
In einer aktuellen Forschungsarbeit untersucht Bauernschuster die Auswirkungen der Blitzmarathons auf die Sicherheit im Straßenverkehr. Hier arbeitet er mit detaillierten Daten zu allen einzelnen in Deutschland polizeilich erfassten Unfällen, mit stundengenauen Daten automatisierter Verkehrsmessstationen, aber auch mit Daten von Google und Twitter.